Die Handlung der dritten Staffel setzt zwei Monate nach den Geschehnissen der zweiten, an Elenas 18. Geburtstag ein und das ohne Stefan an ihrer Seite. Das Leben ihres Bruders Jeremy und auch ihr eigenes hat sich seit dem Tod ihrer Tante Jenna sehr verändert. Alaric, Jennas letzter Freund, schläft auf der Couch der Gilberts und ist sozusagen zur Aufsichtsperson für Jeremy und zum Unterstützer Elenas geworden. Er kämpft mit dem Tod seiner zweiten großen Liebe, lässt sich seine Trauer aber nicht anmerken.
Die Freundschaft von Elena und Damon hat sich nach dessen Genesung sehr vertieft. Er versucht, sie von ihrer Sehnsucht nach Stefan abzulenken, was ihm jedoch nicht gelingt. Auch Caroline möchte ihre Freundin trösten, indem sie eine große Party anlässlich ihres Geburtstages ausrichtet, doch Elena kämpft zu sehr mit dem Schmerz und der Ungewissheit, was dazu führt, dass sie die zu ihren Ehren organisierte Feier nicht genießen kann. Währenddessen ziehen Klaus und Stefan durch ganz Nordamerika und hinterlassen in beinahe jeder Großstadt ein Blutbad, wobei Klaus regelmäßig darauf achtet, dass Stefan seine Opfer qualvoll ermordet. Damon findet heraus, wo sich Stefan befindet und versucht zunächst, ihn zur Vernunft zu bringen, was jedoch zur Folge hat, dass Stefan die Gelegenheitsfreundin seines Bruders, Andie, welche sich in der zweiten Staffel in Damon verliebte, durch Gedankenmanipulation dazu bringt, sich selbst zu töten. Damon ist wütend auf seinen Bruder, da auch ihm viel an Andie lag, obwohl er Elena liebt. Er beschließt, den Dingen ihren Lauf zu lassen und will sich nicht länger in die Angelegenheiten seines Bruders mischen. Elena lässt jedoch nicht locker. Sie findet heraus, dass sich Stefan in den Smoky Mountains in Tennessee befindet und überredet Alaric, mit ihr dort hin zu fahren. Dieser weiht jedoch Damon hinter Elenas Rücken in deren Plan ein, woraufhin er Alaric und Elena heimlich folgt. Da sich Elena weigert, ohne Stefan zurück nach Mystic Falls zu fahren, beschließt Damon, sie durch die Smoky Mountains zu begleiten und zu beschützen. Auch Alaric ist an seiner Seite. Man findet heraus, dass Klaus plant, eine Hybridenarmee zu gründen und nach Tennessee reiste, weil sich ein Werwolfsrudel dort befindet. Da er den Doppelgänger aber nicht wie von ihm angenommen getötet hat, gelingt es ihm nicht, die Werwölfe auch in Vampire zu verwandeln. Stattdessen tötet er das gesamte Rudel. Stefan trifft zufälligerweise auf Damon und bittet ihn, sich in Zukunft von ihm fernzuhalten. Um Elena weiterhin vor Klaus versteckt zu halten, fährt Damon sie ohne Stefan zurück nach Mystic Falls, was traurig von seinem Bruder beobachtet wird. Im Hause der Salvatores angekommen, bittet Damon Elena, die Abwesenheit Stefans auf sich beruhen zu lassen, da dieser wohl kaum vor ihrem Tod nach Hause zurückkehren wird.
Später verbringt Caroline eine Nacht mit Tyler. Danach versucht sie, sich aus dem Haus der Lockwoods zu schleichen, wird aber von Carol, Tylers Mutter, als Vampir geoutet, indem sie ihre Handtasche mit Eisenkraut einreibt. Carol ruft daraufhin einen unbekannten Mann an, welcher die bewusstlose Caroline mitnimmt, in einem dunklen Raum fesselt und sie schließlich mit Sonnenlicht foltert. Später findet man heraus, dass es sich bei dem Unbekannten um Carolines Vater handelt, welcher versucht, durch Folter das Grundwesen des Vampirs zu verändern. Caroline wird jedoch von Tyler und ihrer Mutter Sheriff Forbes gerettet, nachdem Carol ihnen verriet, wem sie Caroline ausgeliefert hatte. Dies tut sie erst, als sie bei einer von Tylers Verwandlungen in einen Werwolf zusieht und erkennt, dass nicht nur Caroline als Monster gesehen werden dürfte.
Zur gleichen Zeit findet Stefan heraus, dass er Mitte der 20er eine enge Freundschaft zu Klaus und seiner Schwester Rebekah pflegte, welche damals auf der Flucht vor einem für Stefan Unbekannten waren. Rebekah verliebte sich in Stefan, später manipulierte Klaus allerdings seinen Geist, sodass sich Stefan nicht mehr an seine vermeintlichen Freunde erinnern konnte. Später erdolchte Klaus seine Schwester ebenfalls, erweckt sie allerdings wieder zum Leben um von ihr zu erfahren, weshalb die Verwandlung der Werwölfe nicht funktionierte. Man erfährt, dass dies nur eine der ältesten Hexen beantworten kann, wozu sie allerdings eine besondere Kette benötigt. Später findet der Zuschauer heraus, dass es sich bei dieser Kette um Elenas handelt, welche sie von Stefan zu Beginn ihrer Beziehung geschenkt bekam. Klaus sucht eine seiner alten Freundinnen auf, bei welcher es sich um die Hexe Gloria handelt, die ihm helfen soll, den Ort der Kette herauszufinden. Gloria erkennt, dass Stefan weiß, wo sie sich befindet, was sie allerdings vor Klaus verschweigt. Stattdessen foltert sie Stefan mit Eisenkraut und kann durch seine Schwäche in dessen Gedanken dringen. So findet sie heraus, dass es sich bei dem Besitzer der Kette um den noch lebenden Doppelgänger handelt. Bevor sie Klaus jedoch davon berichten kann, wird sie unerwartet von Katherine ermordet. Diese bietet Stefan an, ihm zu helfen, was dieser jedoch ablehnt.
Unterdessen versucht Damon, Carolines Vater Bill zu ermorden, da er fürchtet, von diesem geoutet zu werden. Caroline hindert ihn jedoch daran. Elena ist daraufhin sehr enttäuscht von Damon. Er bittet sie im Gegenzug, ihren Versuch, ihn in Stefan zu verwandeln, einzuschränken. Elena gibt vor Caroline zu, sich von Damon angezogen zu fühlen, bedenkt aber auch ihre Angst, was dies über sie aussagt, was Caroline mit "menschlich" beantwortet. Später trifft sich Bonnie scheinbar mit Elena, nicht ahnend, dass es sich hierbei um Katherine handelt, die ihre Kette zurückverlangt, welche ihre Freundin in Besitz genommen hatte, um sie auf fremde Zauber zu prüfen. Bonnie erzählt ihr noch, dass Jeremy die Geister seiner toten Ex-Freundinnen, Vicki und Anna, sehen kann. Danach besucht Katherine Damon. Sie bietet ihm an, sich mit ihr zu verbünden und bei einer eventuellen Vernichtung Klaus' zu helfen. Damon willigt ein. Sie machen eine Autoreise, doch Damon hält irgendwann an und will von Katherine wissen was sie vor hat. Die zeigt ihm dann die Halskette, die Klaus will und fordert ihn auf den Kofferraum aufzumachen, in dem sich Jeremy befindet. Sie weiht Damon ein, dass Klaus und Rebekah damals vor einem Vampirjäger geflohen sind und sie sich erinnere, dass ihre damalige und jetzt tote Freundin Pearl ihr mal von Mikael, einem Vampirjäger, der auch ein Vampir sei erzählte. Aber nur ihrer Tochter Anna alles über ihn erzählte. Da kommt Jeremy ins Spiel, denn der kann den Geist von Anna sehen. Mit Hilfe von Jeremy erfahren sie von Anna, wo sich Mikael befindet. Damon kehrt nach Mystic Falls zurück, da Elena seine Hilfe braucht. Anna warnt sie, dass sie Mikael nicht wecken sollen, da er für Vampire gefährlich sei. Trotz Annas Warnungen, finden Katherine und Jeremy ihn, in einem Mausoleum. Bonnies Mutter, Abby Mills hat ihn mit all ihrer Kraft vor 15 Jahren dort eingesperrt, da er damals Elena umbringen wollte, um Klaus daran zu hindern seinen Fluch zu brechen. Als Mikael Katherine beißt stellt sich heraus, dass Mikael sich nur von Vampirblut ernährt. Er ist auch ein Urvampir und zwar der Vater von Rebekah und ihren Geschwistern, außer von Klaus, da die Mutter ihn damals mit einem Werwolf betrogen hatte.
Zur gleichen Zeit bringt Klaus Stefan und Rebekah zurück nach Mystic Falls um so herauszufinden, was Stefan ihm verschweigt. Klaus trifft auf Elena, überraschenderweise nicht sehr verwundert, dass diese noch am Leben ist. Er zwingt Stefan vor Elenas Augen, zwei Menschen zu töten, in dem er ihr Blut trinkt. Außerdem legt er Elenas Schicksal in Bonnies Hände: Sollte diese es nicht schaffen, innerhalb von zwanzig Minuten eine Lösung zu finden, welche erklärt, wie Klaus ohne den Tod des Doppelgängers einen Hybriden erschaffen kann, so wird er Stefan zwingen, Elena zu töten. Bonnie muss jedoch zunächst Matt das Leben retten, welcher versucht, sich zu ertränken um Vicki wiedersehen zu können. Kurze Zeit später stellt sich heraus, dass der Werwolf, welcher in einen Hybriden verwandelt werden soll, nach dem Tod das Blut Elenas trinken muss, um den Prozess so zu vervollständigen. Um diese Tatsache wissend, verwandelt Klaus schließlich Tyler. Klaus manipuliert Stefan wieder in den alten Ripper-Stefan, der keinerlei menschliche Gefühle besitzt. Klaus hat vor mit Elena die Stadt zu verlassen, doch Damon droht ihm damit, dass Mikael kommen wird, weshalb Klaus alleine aus Mystic Falls verschwindet. Elena wacht in einem Krankenhaus auf, während eine Krankenschwester, die von Klaus manipuliert wurde, ihr Blut abnimmt, damit er weitere Hybriden erzeugen kann. Damon eilt zur Hilfe und rettet sie aus Klaus' Fängen. Stefan steht unter Manipulation und muss auf Elena derweil aufpassen, damit der menschlichen Blutbank, wie Klaus sie betrachtet, nichts passiert.
Alaric bringt Elena bei, wie sie sich vor Vampiren schützen kann. Es ist der erste Schultag und Rebekah zieht bei den Salvatore-Brüdern ein und nimmt auch am Schulunterricht teil. Matt sieht immer noch den Geist von Vicki, doch behält es für sich. Vicki überredet Matt ein Ritual durchzuführen, das ihr einen festen Halt gibt und ihr erlaubt in seiner Welt leben zu können. Doch erst nach dem Ritual stellt sich heraus, dass Vicki einen Deal mit einer Hexe auf der "anderen Seite" gemacht hat: wenn Vicki Elena umbringt, kann sie für immer da bleiben. Ein Lagerfeuer findet statt, bei dem Elena und Alaric versuchen Stefan zu fassen und einzusperren. Während Elena und Stefan in Alarics Auto sind, bricht ein Feuer aus, das von Vicki angezündet wurde. Elena weckt den betäubten Stefan und beide schaffen es aus dem Auto bevor es explodiert. Matt wendet sich an Bonnie, da sie seinen Fehler beheben soll, was Bonnie auch gelingt und so verschwindet Vicki wieder auf die andere Seite. Tyler verspürt Dankbarkeit gegenüber Klaus und eine Verpflichtung ihn zu beschützen, da Klaus ihn in einen Hybriden verwandelt hat. Damon kommt Zuhause an, wo er vom Geist Mason Lockwoods gefesselt und gequält wird. Als Bonnie davon erfährt, versucht sie eine Lösung zu finden. Doch stattdessen gibt sie unbewusst allen Geistern, die noch eine offene Rechnung mit jemanden haben, einen festen Halt, wie zuvor bei Vicki. Elena erwischt Jeremy, wie er Anna küsst. Bonnie ist wieder mit ihrer verstorbenen Großmutter vereinigt, die ihr dabei hilft alles wieder in Ordnung zu bringen. Stefan und Elena sehen Lexi und auch die Gruftvampire sind wieder da. Mason und Damon machen sich auf die Suche, da Mason weiß wo es eine Waffe gibt, die Klaus töten kann, da er Tyler vor Klaus retten will. Lexi versucht Stefan zu helfen seine Menschlichkeit wiederzufinden und die Gruftvampire wollen sich immer noch an den Gründerfamilien rächen und greifen Carol Lockwood an, doch Caroline beschützt sie. Am Ende schafft es Bonnie mit Hilfe ihrer Großmutter, alle Geister wieder auf die andere Seite zu schicken. Bevor sie das tut, zeigt Mason Damon eine geheime Höhle mit Wandmalereien, die die Geschichte der Urvampire erzählt. Rebekah offenbart Elena, in einem Moment der Schwäche, was sich damals abgespielt hat: Als sie noch Menschen waren, waren sie Nachbarn eines Dorfes in dem nur Werwölfe lebten und eines Nachts wollten Klaus und sein kleiner Bruder Henrik sehen, wie sich die Werwölfe verwandeln. So schlichen sie sich raus, doch Henrik wurde dabei von einem Werwolf umgebracht. Dieser Verlust machte Mikael besessen davon, seine Familie unverwundbar zu machen. Sie Frau Esther unterstützte ihn dabei und verwandelte in einem Ritual, die ganze Familie außer sich selbst zu Vampiren und besiegelte die Verwandlung mit Tatia's Blut, der ursprünglichen Doppelgängerin, in die Klaus und Elijah verliebt waren. Rebekah erzählt auch, dass Klaus nach seinem ersten Mord auch zum Werwolf wurde und ihre Mutter ihn deshalb mit einem Fluch belegte, dass seine Werwolfseite unterdrückte und schlummern ließ. Nachdem Mikael von der Untreue ihrer Mutter erfuhr, brachte er diese und Klaus' leiblichen Vater sowie dessen gesamte Familie um, was zum jahrhundertelangen Krieg zwischen Vampiren und Werwölfen führte. Doch den Wandmalereien zufolge, brachte Klaus ihre Mutter als Vergeltung um, da sie ihn mit dem Fluch belegte und ihn danach aus der Familie verstoßen hatte. Diese Neuigkeit verleitet Rebekah dazu, ihre Treue und ihren Glauben an Klaus zu verlieren. Während Damon versucht Stefan von Klaus' Zwängen zu befreien, treffen sie auf Mikael, der damit droht Damon umzubringen, wenn Stefan ihm nicht sagt, wo Klaus sich befindet. Womit Stefan seine Menschlichkeit wieder zurück gewinnt.
Quelle; Wikipedia